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La mutation responsable de la couleur cacao chez le bouledogue français a été identifiée dans le gène du syndrome Hermansky-Pudlak 3 (HPS3). Les chiens homozygotes pour cette mutation sont d'un brun plus foncé que les chiens mutés pour la couleur brune (Locus B).  Chez l'homme et la souris, les mutations du gène HPS3 sont associées à des symptômes comme une déficience visuelle, une pigmentation anormale des yeux et des saignements. Ces effets de la mutation n'ont pas été signalés chez les chiens homozygotes pour la variante cacao.

Les chiens avec deux copies de la variante cacao peuvent être cacao, cependant la couleur finale du chien dépend également des autres gènes contrôlant la couleur de la robe.  

L’ostéochondrodysplasie est une maladie du développement du squelette apparaissant très tôt chez le chiot. Elle entraîne des déformations osseuses visibles, comme des membres raccourcis ou incurvés, des articulations élargies, une cage thoracique aplatie et parfois une mâchoire inférieure raccourcie. Les radiographies montrent des anomalies de l’ossification, notamment au niveau des épiphyses et des vertèbres. Les chiots atteints présentent une raideur articulaire marquée qui s’atténue avec l’âge, mais la mobilité reste limitée. À long terme, l’arthrose est fréquente et impacte durablement la qualité de vie.

Ce test est également conseillé pour le Papillon et le Bichon frisé dans le cadre du programme d’élevage du gouvernement flamand (voir le programme officiel).

L'hyperuricémie également appelée hyperuricosurie est un défaut génétique provoquant des niveaux élevés d'acide urique dans l'urine. Les signes cliniques de la maladie sont la présence de pierres au niveau de la vessie ou des reins. HUU peut être testé dans n'importe quelle race, mais on le trouve le plus souvent dans les races reprises ci-dessous.

Le gène Merle crée des taches de couleur dans le pelage et les yeux bleus ou de couleur bizarre. Les chiens Merle peuvent présenter des problèmes auditifs et oculaires. Les chiens homozygotes pour Merle aussi appelés double Merle sont principalement blancs et sujets à plusieurs problèmes de santé. Le merle peut être testé dans n'importe quelle race, mais on le trouve le plus souvent dans les races reprises ci-dessous.

Le Collapsus induit par l'exercice est une maladie neuromusculaire qui se caractérise par une faiblesse musculaire, une incoordination et un effondrement mettant la vie en danger après un exercice intense. Cinq à quinze minutes d'exercice intense font que les chiens souffrant de ce syndrome développent une démarche chancelante et une perte de contrôle des membres arrière. L'épisode peut s'étendre aux quatre membres. Les épisodes d'effondrement durent généralement de 5 à 10 minutes, et après 30 minutes, on observe souvent une récupération complète, mais les épisodes sont parfois mortels. Ce test est breveté et sous-traité au laboratoire détenteur du brevet.

L'anomalie de l'oeil du colley (AOC) est une affection oculaire héréditaire complexe touchant principalement les races de berger d’origine collie. Elle résulte d’un développement anormal des structures internes de l’œil, notamment des couches vasculaires et rétiniennes. Les signes cliniques sont très variables : certains chiens restent asymptomatiques, tandis que d’autres présentent une hypoplasie de la choroïde, des colobomes du nerf optique, une microphtalmie, des hémorragies intraoculaires, un décollement de rétine et, dans les formes sévères, une déficience visuelle ou une cécité.
Le test génétique basé sur la délétion du gène NHEJ1 est un outil utile en sélection, mais il ne prédit pas toujours l’expression clinique ni la présence de colobome; d’autres causes génétiques existent. Ainsi, un examen ophtalmologique systématique, en particulier chez le chiot, reste indispensable pour les éleveurs et les vétérinaires.

L'atrophie progressive de la rétine (APR) est une maladie génétique observée chez les chiens, notamment chez le Vallhund suédois. Cette maladie se caractérise par une décoloration multifocale du fond d'œil, d'abord rouge et brune, suivie au fil du temps par un amincissement de la rétine. Elle progresse en trois stades : au stade 2, on observe une perte graduelle de la fonction des photorécepteurs (bâtonnets et cônes) mesurée par électrorétinographie. La cécité nocturne apparaît en fin de stade 2, suivie d'une perte de vision diurne au stade 3. Les examens histologiques confirment la perte des cellules photoréceptrices à ce dernier stade.

Ce test est également conseillé pour le chien chinois à crête dans le cadre du programme d’élevage mis en place par le gouvernement flamand (voir programme officiel).

L’ostéopathie cranio-mandibulaire (OCM) est une maladie osseuse qui touche les jeunes chiens, généralement entre 4 et 8 mois. Elle se manifeste par un gonflement de la mâchoire, des douleurs, des difficultés à ouvrir la bouche, de la fièvre et une perte d’appétit. La croissance osseuse excessive affecte principalement la mandibule et le crâne, et parfois les os longs.
La mutation peut être présente sans provoquer de symptômes visibles, en raison de son expression variable et de sa pénétrance incomplète.

Ce test est également conseillé pour l'American Staffordshire Terrier, le  Boston Terrier et le Coton de Tuléar dans le cadre du programme d’élevage du gouvernement flamand (voir le programme officiel).

La dystrophie des bâtonnets et des cônes 4, aussi connue sous le nom CORD1 est une forme d'atrophie progressive de la rétine caractérisée par des modifications de l'aspect granuleux du fond de l'œil, suivies d'une hyperréflectivité tapétale généralisée et d'une atténuation vasculaire rétinienne avec une extinction progressive de l'électrorétinogramme. La pathologie CORD1 est probablement causée par une combinaison de mutations. Seule la mutation du gène RPGRIP1 est testée.

Ce test est également obligatoire dans le cadre du programme d'élevage du gouvernement flamand pour les races : Airedale Terrier

La mutation SLC6A3 PolyA(22), présente chez certains Malinois, est liée à une activité accrue, des comportements liés au stress et des changements comportementaux épisodiques. Les chiens porteurs de cette mutation peuvent présenter une activité locomotrice plus élevée et une sensibilité accrue au stress environnemental. Les éleveurs devraient envisager de tester génétiquement cette mutation lors de la sélection des traits comportementaux, tandis que les vétérinaires peuvent l'utiliser pour évaluer et gérer le comportement, notamment l'agression et le stress. Identifier cette mutation peut aider à mettre en place des stratégies de gestion comportementale plus ciblées.

Ce test est également proposé chez le Border Collie, chez lequel le variant SLC6A3 PolyA(22) a été identifié. Son association avec l’agressivité ou les crises convulsives n’a toutefois pas été mise en évidence à ce jour dans cette race.