La mutazione responsabile del colore cacao nel Bouledogue Francese è stata identificata nel gene della sindrome di Hermansky-Pudlak 3 (HPS3). I cani omozigoti per questa mutazione sono di un marrone più scuro rispetto ai cani mutati per il colore marrone (Locus B). Sia nell'uomo che nei topi, le mutazioni del gene HPS3 sono associate a dei sintomi quali deficit visivo, pigmentazione anomala degli occhi ed emorragie. Questi effetti della mutazione non sono stati segnalati in cani omozigoti per la variante cacao.
I cani aventi due copie della variante cacao possono essere di colore cacao, ma il colore finale del cane dipende anche da altri geni che regolano il colore del mantello.
